Основными резервуарамивируса желтой лихорадки являются дикие животные (обезьяны, броненосцы, опоссумы, муравьеды, ежи, ленивцы) и больной человек. Переносчиками вируса служат комары. Восприимчивость к болезни поголовная.
С эпидемиологической точки зрения различают два основных типа желтой лихорадки: антропонозный тип (городской и сельский) и желтую лихорадку джунглей.
При антропонозном типе эпидемическая цепь состоит из звеньев: 1) больной человек; 2) переносчик-комар Aёdes aegypti; 3) человек, заражающийся через укус инфицированного комара. Заражение комаров происходит при укусе больного человека. Вирус находится в крови больного в конце инкубационного периода и в первые три дня заболевания. Комары, насосавшись крови больного, становятся заразными спустя несколько дней: при температуре 30° – 7 дней, при 20° – 18 дней, при 18° – 30 дней.
Передаваемая комарами Aёdes aegypti городская желтая лихорадка поражает людей любого возраста и пола. В крупных городах длительное существование заболеваний возможно при наличии достаточного количества восприимчивых лиц.
На территориях тропической Африки желтая лихорадка распространена в многочисленных мелких населенных пунктах и при наличии частых сообщений между ними переходит из одного места в другое. Эта так называемая сельская желтая лихорадка, которая передается также комарами. Комары размножаются в небольших постоянных и временных водоемах, находящихся вблизи жилья человека. Вследствие этого в сельской местности комары накапливаются в больших количествах, поддерживая существование желтой лихорадки. Желтая лихорадка джунглей связана с природными очагами. Резервуаром инфекции служат дикие животные и в первую очередь обезьяны. Роль переносчика чаще играют комары рода Haemagogus. Лихорадка джунглей широко распространена в Южной Америке. В Африке встречается чаще городской тип желтой лихорадки. Имеются доказательства существования вируса и среди приматов Африки. Из беспозвоночных в лесах резервуаром вируса являются комары Aёdes africanus, которые наиболее активны в сумерках, а днем укрываются в листве деревьев. Человек при желтой лихорадке джунглей не участвует в поддержании вируса и вовлекается в эпидемическую цепь вторично, являясь случайной жертвой. В возникновении заболеваний у людей большую роль играют обезьяны. Они делают набеги на плантации, где обитают комары Aёdes simpsoni, которые, заражаясь от обезьян, передают вирус человеку.
Проникновение вируса из природных очагов в населенную зону, где имеются комары Aёdes aegypti, может повести к появлению антропонозных очагов инфекции.
Заболевания желтой лихорадкой, передающиеся комарами А. aegypti, носят эпидемический характер. При наличии людей-вирусоносителей в местности, где имеются переносчики, желтая лихорадка может принять эпидемическое распространение.
Лица, перенесшие желтую лихорадку, приобретают пожизненный иммунитет. Заболевание сопровождается накоплением в крови специфических вируснейтрализующих и комплементсвязывающих антител. Возможна перекрестная реакция торможения гемагглютинации у больных, перенесших заболевание, вызванное родственными арбовирусами.